Выбор мест для остановки на несколько дней большой. Знаю два варианта остановиться бюджетно.
Тур. путёвка
Основная прелесть – не надо долго искать и ломать голову. Основной минус – в дешёвых поездках селят не в центре. Однако это вынуждает вас посмотреть не только тур. центр, но и более приземлённую жизнь города, что позволяет чуть пошире взглянуть на Прагу. Опять-таки, местные магазины-кафе, транспорт – всё это интересно.
В первый раз (2005г.) как раз были совсем далеко, "Океан" () аж в Хостиварах (Hostivař), там приходилось сначала на наземном, потом на метро. Возможно, сейчас уже подумал бы над таким вариантом, но тогда (для первого раза) это не показалось каким-то глобальным неудобством; правда, и жили там всего 3-4 дня.
Если повезёт, то и "окраина" будет весьма относительной – в последний раз (2009г.) жили в Апарт-отеле () в районе Бубенеч (Bubeneč), так за всю неделю всего лишь пару раз воспользовались метро; в центр всегда пешком. Сам "отель", кстати, больше напоминал смесь бюджетных постсоветских гостиницы и курортного пансионата, но если не обращать внимание на убогий завтрак, то терпимо.
Системы бронирования
Тут всё понятно, всякие букинги.
По возможности, надо брать место, где можно готовить (квартиру, апарт-отель). Тогда к впечатлениям ещё добавится и обыденная (а не из кафе-ресторанов) еда горожан.